寺院の本堂に、宗派によって定められた、特定の仏像や掛け軸、曼荼羅が信仰対象として安置され、おまつりされています。これがご本尊です。お仏壇は、各家庭の小さなお寺です。菩提寺あるいは、自分の信仰する宗派のご本尊を中央上段におまつりします。

天台宗
ご本尊は、「久遠実成の無作の本物をもって本体とする」として、すべての仏、菩薩のいずれでも信仰の対象になりますが、阿弥陀如来をまつることが多いようです。向かって右に天台大師を、左に伝教大師のご影像をかかげます。

真言宗
多くの仏様をおまつりしますが、根本は大日如来です。おまつりの一例としては、中央にご本尊の大日如来、向かって右に弘法大師、左に不動明王をおまつりします。左に興教大師をおまつりする場合もあります。

浄土宗
ご本尊は、阿弥陀如来。右に善導大師、左に円光大師をおまつりします。または右に観世音菩薩、左に勢至菩薩をまつる場合もあります。

浄土真宗
ご本尊は阿弥陀如来。向かって右に「帰命尽十方無碍光如来」の十字名号を、左に「南無不可思議光如来」の九字名号を飾ります。あるいは、右に親鸞聖人、左に蓮如上人のご影像を掛けることもあります。

真宗大谷派
ご本尊は阿弥陀如来。向かって右に「帰命尽十方無碍光如来」の十字名号を、左に「南無不可思議光如来」の九字名号を飾ります。あるいは、右に親鸞聖人、左に蓮如上人のご影像を掛けることもあります。

曹洞宗
ご本尊は、釈迦牟如仏（お釈迦様）です。向かって右に承陽大師、左に常済大師を配し、一仏両祖としておまつりします。また、右に達磨大師、左に高祖太祖をおまつりする場合もあります。

臨済宗
ご本尊は、釈迦牟如仏（お釈迦様）が多いようです。向かって右に達磨大師、左に臨済大師のご影像を掛けることが多いようです。また妙心寺派の場合、右に無相大師、左に花園法皇をおまつりします。

日蓮宗
ご本尊は、大曼荼羅です。大曼荼羅の前に日蓮聖人、向かって右に鬼子母神、左に大黒天のご影像を掛けます。また両脇はかけない場合もあります。